В NUnit используются категории для разграничения тестов. Для определения категории используется атрибут:

[Category("Название категории")]

Соответственно, можно использовать две категории для отделения модульных тестов от интеграционных:

[Category("Unit tests")]

и

[Category("Integration tests")]

Эти атрибуты нужно применить ко всем тестам. Чтобы не копировать текст "Unit tests" и "Integration tests" ко всем классам тестов, обычно создают собственный атрибут, унаследовааный от CategoryAttribute:

using NUnit.Framework;

public class IntegrationAttribute : CategoryAttribute
{
    public IntegrationAttribute() : base("Integration tests")
    {
    }
}