Среди преимуществ MSTest отмечают возможность создавать заглушки для всех методов класса или набора классов, которые вы укажите (не совсем понимаю, о чем речь - взято отсюда). Среди недостатков - всего один тест на метод (взято оттуда же).

Microsoft’s own Patterns and Practices признает так же, что нет резона переходить с NUnit на MS Test.