Есть статья, где описывается создание сериализатора, который достаточно терпимо относится к:
- Добавлению/удалению полей и свойств
- Изменению названий пространств имен и перемещению кода из одного пространства имен в другое.
- Изменению типов свойств и полей
Но это не является ответом на вопрос об организации процесса загрузки новой структуры из старых xml-файлов.