Это известный баг NAnt 0.86 beta 1 (nant-Bugs-1859708). Он возникает из-за того, что NAnt пытается считать пути к файлам .NET из реестра, а при некоторых типах инсталяции не все ожидаемые ключи прописываются в реестре.

Известны следующие пути решения этой проблемы:

• Скачать последний ночной билд NAnt и использовать его вместо версии 0.86. Но нужно быть осторожным — многие расширения NAnt могут работать только с версией 0.86.
• Вручную создать в ветке HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\.NETFramework реестра ключ sdkInstallRootv2.0 со значением C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 8\SDK\v2.0\