Есть такой продукт виртуализации VMWare ThinApp.
Вот пример, как с помощью него запихнуть в один exe-файл .Net + по этой-же инструкции как не прерывая процесса доустановить свое приложение.
http://blogs.vmware.com/thinapp/2008/11/step-by-step-in.html
