Нужно использовать специальное свойство class, которое хранит тип загружаемой сущности. Это свойство можно использовать в HQL или Criteria API:

var list = session
    .CreateCriteria(typeof(BaseClass))
    .Add(Restrictions.Disjunction()
        .Add(Restrictions.Eq("class", typeof(ClassB)))
        .Add(Restrictions.Eq("class", typeof(ClassC))))
    .List<BaseClass>();