Строку подключения можно брать из секции appSettings файла App.config/Web.config. Для этого в конфигурации Fluent NHibernate нужно написать:

var config = Fluently.Configure()
      .Database(
        MsSqlConfiguration.MsSql2005
          .ConnectionString(c => c
              .FromAppSetting("MainConnectionString"))
      )
      .Mappings(m =>
        m.FluentMappings.AddFromAssemblyOf<KidMap>())
      .BuildConfiguration();

В файле App.config (или Web.config):

<configuration>
    <!-- ... -->
    <appSettings>
      <add 
        key="MainConnectionString"
        value="Data Source=.\SQLEXPRESS;Initial Catalog=TestDB;User Id=sa;Password=*****" />
    </appSettings>
    <!-- ... -->
</configuration>