Если конфигурация расположена в Web.config приложения, то можно в Global.asax (не знаю, возможно ли это для Sharepoint) подписаться на событие старта приложения и произвести инициализацию log4net:

log4net.Config.XmlConfigurator.Configure();

Альтернативный вариант — использовать атрибут XmlConfigurator. Его нужно применить к своей сборке (файл Properties.cs). Чтобы сконфигурировать с настройками из Web.config:

[assembly: log4net.Config.XmlConfigurator()]

Чтобы сконфигурить с настройками из файла Log4Net.config:

[assembly: log4net.Config.XmlConfigurator(
    ConfigFile="Log4Net.config", Watch=true )]

В случае с SharePoint может потребоваться жесткое указание путей к файлам. Например, если Log4Net.config лежит в папке 12:

[assembly: log4net.Config.XmlConfigurator(ConfigFile = 
@"C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\" + 
@"Web Server Extensions\12\Log4Net.config", Watch = true)]

Или, если прокатит, то так:

[assembly: log4net.Config.XmlConfigurator(ConfigFile = 
    SPUtility.GetGenericSetupPath(@"Log4Net.config"), 
    Watch = true)]