В общем, такой поиск может выглядеть так:

public static class ExtensionMethods
{
    private static void GetAllInstancesRecursive(IApplicationContext context,
                                                 Type serviceType,
                                                 ref ICollection<object> result)
    {
        if (context == null) return;

        foreach (object o in context.GetObjectsOfType(serviceType).Values)
        {
            result.Add(o);
        }

        GetAllInstancesRecursive(context.ParentContext, serviceType, ref result);
    } 

    public static IEnumerable<object> GetObjectsOfTypeRecursive(this IApplicationContext context, 
                                                                     Type serviceType)
    {
        ICollection<object> result = new Collection<object>();
        GetAllInstancesRecursive(context, serviceType, ref result);
        return result;
    }
}

Можно получить их в два этапа — сначала из самого контекста, потом из родительского:

var objects = context.GetObjectsOfType(serviceType).Values;
var objectsFromParent = context.ParentContext.GetObjectsOfType(serviceType).Values;

Можно вообще не использовать иерархию контекстов. То есть создать только GenericApplicationContext и тогда все объекты будут объявлены только в нем. При этом сам контекст будет заполняться как-то так:

GenericApplicationContext ctx = new GenericApplicationContext();
XmlObjectDefinitionReader reader = new XmlObjectDefinitionReader(ctx);
reader.LoadObjectDefinitions("assembly://Spring.Core.Tests/Spring.Context.Support/contextB.xml");
reader.LoadObjectDefinitions("assembly://Spring.Core.Tests/Spring.Context.Support/contextC.xml");
reader.LoadObjectDefinitions("assembly://Spring.Core.Tests/Spring.Context.Support/contextA.xml");
ctx.Refresh();
//..
// И дальше собственные объявления
GenericApplicationContext.RegisterObjectDefinition(/*...*/);

Наверное никак. В общем-то все логично. ParentContext заполняется из xml, а регистрация из кода идет непосредственно в GenericApplicationContext, который является контейнером сам по себе. Так что метод GetObjectsOfType ищет только там, где он вызван.

Хотя... с другой стороны данный метод определен в классе AbstractApplicationContext, где определено так же и свойство ParentContext. Почему бы этому методу не искать рекурсивно во всех ParentContext'ах?

Или все же возможно сконфигурировать контейнер для такого поиска?