Есть родственные вопросы насчет пакетирования и организации структуры проекта.

Один из принципов пакетирования гласит, что «должна быть толко одна причина для изменения пакета». То есть любое изменение должно быть локализовано и должно затрагивать только определенные сборки. Вариант, при котором есть три проекта Models, Views, Controllers не отвечает этому принципу, потому что любое изменение будет сквозным — оно затронет и модель и виды и контроллеры. Если же разбивать на проекты по логическим частям, то для каждой такой части можно проводить локальные изменения не затрагивая другие.

Вообще задача пакетирования достаточно запутанная, и, покрайней мере в .NET, каждый организует структуру проекта исходя из личных предпочтений, а не best practices.