Вот нашёл решение с помощью SQL (HQL - можно использовать для апдейта с версии NHibernate 2.1)

using (var tx = session.BeginTransaction())
{
    session
        .CreateSQLQuery("UPDATE sometable SET changed = getdate() WHERE name = :name")
        .SetString("name", name)
        .ExecuteUpdate();
    tx.Commit();
}